Open Babel 基本用法

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本文于2018年7月25日发表于知乎专栏,查看原文
本文于2018年7月26日发表于微信公众号,查看原文

1.安装

可用Anaconda安装conda install openbabel -c conda-forge或参照 此文 自己编译。

2.转换格式

把xyz格式文件转换成pdb格式文件：

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obabel C.xyz -ixyz -opdb -O C.pdb
```  
支持**118种**格式，如xyz、mol、mol2、pdb、smi，Gaussian文件gjf、log、fchk，ChemDraw文件cdx等。  
可以从没有成键信息的xyz文件转换为有成键信息的mol文件。

### 3.转换SMILES

生成甲烷的mol文件：  
```sh
obabel -:C --gen3d -omol -O C.mol
```  
若要得到坐标，`--gen3d`不可少。  
SMILES会默认补氢至饱和，将C补成甲烷，若要得到单个碳的mol文件：  
```sh
obabel -:[C] --gen3d -omol -O C.mol
```  
若要生成甲基的文件：  
```sh
obabel -:[CH3] --gen3d -omol -O CH3.mol
```  
或：  
```sh
obabel -:"[C]([H])([H])[H]" --gen3d -omol -O CH3.mol

若SMILES有括号时，务必要加上引号。
获取C.xyz、C.pdb等多个文件的SMILES：

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obabel C.mol C.mol2 C.pdb C.xyz --osmi -O C.smi

4.生成结构式的图像

cys

phosphate

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obabel -:"C([C@@H](C(=O)O)N)S" -opng -O cys.png
```  
即可生成半胱氨酸的结构式：  
  
亦可生成矢量图像：  
```sh
obabel -:"C([C@@H](C(=O)O)N)S" -osvg -O cys.svg

可以将文件直接转换为图像：

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obabel phosphate.log -ilog -opng -O phosphate.png

5.配合Gaussian使用

从SMILES直接生成Gaussian输入文件：

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obabel -:CC --gen3d -ogjf|sed "1c %nproc=28\n#opt b3lyp/6-31g(d,p)" >CC.gjf

从已有文件或上一步的log文件中得到下一步的输入文件：

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obabel CC.log -ilog -ogjf|sed "1c %nproc=28\n#freq b3lyp/6-31g(d,p)" >CC2.gjf