Jinzhe Zeng's Blog

苟利国家生死以,岂因祸福避趋之

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2018年6月22日发表于微信公众号 (需已经安装好EndNote)

  1. 下载EndNote引用文件:①打开Google Scholar,②搜索文献,③点击文献下方的引用按钮,④点击EndNote下载,⑤打开下载好的EndNote文件:

2.在EndNote中选中刚刚导入的文献: 3.插入文献:①光标移到想插入文献的位置,②点击选项卡中EndNote X8,③点击Insert Citation,④点击Insert Selected Citation(s): 效果图: 自动插入了1. Jiang, Z.-m., Reflections on energy issues in China. Journal of Shanghai Jiaotong University (Science) 2008, 13 (3), 257-274. 注:

  1. Style一栏可以选择文献格式,大多数期刊都会提供格式文件:
  2. 可以多次加入同一文献,或在同一位置加入多个文献;
  3. 可以给Reference加个标题。

2018/06/20

免密和别名。

免密

ssh-keygen -t rsa

一路回车,将在~/.ssh/目录下生成密钥(id_rsa)和公钥(id_rsa.pub)。

<span class="c1" style="font-style: italic;color: rgb(153, 153, 153);">#以106.14.182.145这个服务器为例</span>
ssh-copy-id [email protected]

输入密码后,即把公钥信息(id_rsa.pub)拷入服务器的authorized_keys中。再次登录:

ssh [email protected]

再也不用输密码了。

别名

vi ~/.ssh/config

在config文件中输入:

Host aliyun
HostName 106.14.182.145
User root
  
Host xxx
HostName xxx.xxx.xx.xxx
User xxx
Port xx

保存,然后将config文件的权限设置为600:

chmod 600 ~/.ssh/config

现在,ssh可以用aliyun替代root@106.14.182.145了:

ssh aliyun

备注

这两步设置后,Ubuntu子系统是Windows最好的ssh软件。

2018/6/20

以我瞎写的四个公式为例:

在一个公式后面输#(),并且把光标放到两个括号之间:

点击插入-文档部件-域:

类别选编号,域名选AutoNum,格式选1,2,3,…,确定:

复制#(1):

光标移到#(1)后面(光标**务必要在公式里面**),按Enter回车,这时(1)自动到了公式最右边,退格键删掉这个段落符号:

将刚才复制的#(1)粘贴到第二个公式后面,发现已经变成了#(2):

同样回车,退格:

依葫芦画瓢,搞定剩下的公式,完工:

(本文中Word版本为Word 2016,版本1807,内部版本10301.20006)

参考资料

  1. 知乎. 如何解决word中公式加编号之后变为内嵌格式?. https://www.zhihu.com/question/65751973/answer/365060085
  2. 知乎. 你可能从未使用过的Word内嵌编号功能. https://zhuanlan.zhihu.com/p/22436463

2018年6月17日

本文将介绍 LAMMPS 在 Intel® MPI 、Open MPI 和 Ubuntu 下的安装方法。

#下载解压
wget http://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz
tar -vxf lammps-stable.tar.gz
cd lammps-16Mar18/src
#安装Package,例如这里安装USER-REAXC
make yes-user-reaxc
#所有Package的列表可见http://lammps.sandia.gov/doc/Section_packages.html

Intel® MPI

根据官方资料(Intel® MPI Library),Intel® MPI比Open MPI快数倍。

配置好Intel® MPI的环境变量后,只需:

make intel_cpu_intelmpi

即开始编译。

Open MPI

若已装Open MPI,可直接编译:

make mpi

若机器上没有装任何MPI,可自行安装Open MPI:

wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v3.1/openmpi-3.1.0.tar.bz2
tar -vxf openmpi-3.1.0.tar.bz2
cd openmpi-3.1.0/
./configure --prefix=$(pwd)
make all install

在$HOME/.bashrc中加入环境变量:

export PATH=/home/njzjz/soft/openmpi-3.1.0/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/njzjz/soft/openmpi-3.1.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH

然后在LAMMPS的src目录下编译:

source $HOME/.bashrc
make mpi

Ubuntu

先用管理员权限安装一些软件,再编译:

sudo apt install g++ mpi-default-bin mpi-default-dev libfftw3-dev libjpeg-dev libpng-dev
make ubuntu

最后

在当前目录下一键设置环境变量:

echo 'export PATH=$PATH:'$(pwd)>>$HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc

文末将介绍GaussView在Ubuntu子系统的安装方法(网不好的时候用)。

首先需要有gv6.tar.bz2,如果没有需要自行购买或所在机构购买。

tar -vxf gv6.tar.bz2

然后在$HOME/.bashrc中加入

export GV_DIR=/home/njzjz/soft/gv #GaussView的目录
export PATH=$GV_DIR:$GV_DIR/bin:$PATH

source $HOME/.bashrc后gv即可。

Windows Subsystem for Linux (Ubuntu)

Ubuntu子系统中缺少libGLU.so.1、libfreetype.so.6、libXrender.so.1、libfontconfig.so.1、libSM.so.6,需要安装:

sudo apt install libglu1-mesa libfreetype6 libxrender-dev libfontconfig libsm6

确保Xming已经运行,.bashrc已经加入

export DISPLAY=localhost:0.0

运行gv:

_2018年6月16日作_

文末将说明VMD在Ubuntu子系统上的安装方法。

#下载解压
wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.9.3/files/final/vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz
tar -vxzf vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz
cd vmd-1.9.3/
pwd

pwd获取当前目录,比如:/home/njzjz/soft/vmd-1.9.3

打开configure,将某两行修改为:

$install_bin_dir="/home/njzjz/soft/vmd-1.9.3/bin";
$install_library_dir="/home/njzjz/soft/vmd-1.9.3/lib/$install_name";

保存。

./configure LINUXAMD64
 ./configure
cd src
make install

在$HOME/.bashrc文件中加入

export PATH=/home/njzjz/soft/vmd-1.9.3/bin:$PATH

然后source .bashrc,此时运行vmd一般来说均可正常运行。

Windows Subsystem for Linux (Ubuntu)

在Ubuntu子系统中缺少libGL.so.1、libXinerama.so.1、libXi.so.6三个库,需要安装:

sudo apt install mesa-utils libxinerama-dev libxi6

确保Xming已经运行,.bashrc已经加入

export DISPLAY=localhost:0.0

这时再输入vmd,即可打开VMD界面。

2018年6月4日发布

最新版本的 TensorFlow 要求 GLIBC 2.17 以上,尽管推荐做法是找一台最新系统的机子,但是有时候系统的类型不是由自己决定的,通常又没有root权限,又想在所有机子上都能运行 TensorFlow 。

刚好手里有一个超算账号,系统是 Red Hat 4.4.7 ,GLIBC 版本是 2.12 ,就以此为例,安装CPU版本的TensorFlow(反正没有权限也安装不了GPU版本需要的驱动)。


一、用 Anaconda 3 安装 TensorFlow 1.8

1.安装 Anaconda 3

Linux软件安装②|Anaconda3

2.创建 TensorFlow 环境

conda create -n tensorflow pip python=3.6
#Proceed ([y]/n)? 输y
source activate tensorflow #激活环境
pip install tensorflow -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/
#这两天由于众所周知的原因,Google官方的镜像又下载不了了,所以这里用了清华大学的镜像

二、安装 gcc

这时候打开 Python ,执行 import tensorflow ,提示:

ImportError: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.7’ not found

conda install -c psi4 gcc-5 
#Proceed ([y]/n)? 输y
LD_LIBRARY_PATH=$HOME/anaconda3/envs/tensorflow/lib:$LD_LIBRARY_PATH

再此运行 Python,不再提示这个问题。

三、安装 GLIBC 2.21

但是提示:

ImportError: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.16’ not found

本来应该安装GLIBC 2.17,但是我发现从2.16到2.19都有个bug,不能运行Python 3.6。于是我们安装GLIBC 2.21。

1.下载GLIBC 2.21并编译GLIBC 2.21

wget http://mirror.rit.edu/gnu/libc/glibc-2.21.tar.gz
tar zxvf glibc-2.21.tar.gz
mkdir glibc-2.21-build glibc-2.21-install
cd glibc-2.21-build
../glibc-2.21/configure --prefix=`readlink -f ../glibc-2.21-install` 
make && make install

然后就报错了:

checking version of as… 2.20.51.0.2, bad checking version of ld… 2.20.51.0.2, bad These critical programs are missing or too old: as ld

仔细看看INSTALL文件,要求GNU ‘binutils’ 2.22 or later,但系统只装了2.20。

2.下载并编译binutils 2.30

wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/binutils/binutils-2.30.tar.gz
tar zxvf binutils-2.30.tar.gz
cd binutils-2.30
./configure --prefix=`readlink -f ../binutils-2.30-install` 
make && make install
#加入环境变量
PATH=$HOME/software/binutils-2.30-install/bin:$PATH

3.重新编译glibc 2.21

cd glibc-2.21-build
../glibc-2.21/configure --prefix=`readlink -f ../glibc-2.21-install` 
make && make install

Warning: ignoring configuration file that cannot be opened: … /software/glibc-2.21-install/etc/ld.so.conf: No such file or directory

将/etc 目录的ld.so.conf复制到指定目录后重新安装:

cp /etc/ld.so.conf ../glibc-2.21-install/etc/
make install

安装成功。

四、运行TensorFlow

source activate tensorflow
$HOME/software/glibc-2.21-install/lib/ld-2.21.so --library-path $HOME/anaconda3/envs/tensorflow/lib:$HOME/software/glibc-2.21-install/lib:/lib64:$LD_LIBRARY_PATH `which python`

在Python内输入:

# Python
import tensorflow as tf
hello = tf.constant('Hello, TensorFlow!')
sess = tf.Session()
print(sess.run(hello))

b’Hello, TensorFlow!’

运行成功。我们可以运行的命令记录在.bashrc中:

echo 'alias tf='"'"'$HOME/software/glibc-2.21-install/lib/ld-2.21.so --library-path $HOME/anaconda3/envs/tensorflow/lib:$HOME/software/glib-2.21-install/lib:/lib64:$LD_LIBRARY_PATH `which python`'"'">>$HOME/.bashrcsource $HOME/.bashrc

即可用 tf 代替装了 TensorFlow 的 Python。

2018年6月1日发布

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
#清华大学镜像站可以显著提升下载速度,尤其是教育网网络环境
bash Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh

Please, press ENTER to continue

按Enter

Do you accept the license terms? [yes|no]

输yes

[/home/jzzeng/anaconda3] >>>

这里需要问是否需要修改安装目录,如需修改则输入安装目录,如不修改则按回车

然后等待一段时间

Do you wish the installer to prepend the Anaconda3 install location to PATH in your /home/jzzeng/.bashrc ? [yes|no]

yes

Do you wish to proceed with the installation of Microsoft VSCode? [yes|no]

no

这样anaconda3就安装好了,接着启用清华大学镜像,提升下载速度:

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

 2018年5月29日发布

#超算上都没有root权限,所以只能自己编译
wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/openbabel/openbabel/2.3.1/openbabel-2.3.1.tar.gz #下载
tar -vxzf openbabel-2.3.1.tar.gz #解压
mkdir openbabel openbabel-build #创建目录
installprefix=$(pwd)/openbabel #设置安装目录
cd ../openbabel-build #进入构建目录
cmake ../openbabel-2.3.1 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$installprefix
make && make install #编译

#在.bashrc中设置环境变量
echo 'export PATH=$PATH:'$installprefix'/bin'>>$HOME/.bashrc
echo 'export BABEL_DATADIR='$installprefix'/share/openbabel/2.3.1'>>$HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc #应用环境变量

#可以尝试命令:obabel -:CC -opdb -O xx.pdb
#看看是否安装成功

本文2018年5月21日首发微信公众号,作者:华东师范大学化学与分子工程学院团委学生会主席团

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