Jinzhe Zeng's Blog

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Linux软件安装⑨|Amber20

本文于2020年8月23日发表于知乎专栏,查看原文
本文于2020年8月24日发表于微信公众号,查看原文

Amber20

假设你已经有了Amber20的源代码,名叫amber20_src,并且现在在这个目录里面。

安装串行版本

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cd build/
./run_cmake
make install -j8
cd ..

之后,Amber20便已安装在../amber20内,执行以下命令激活它:

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source ../amber20/amber.sh

安装并行版本

安装并行版本前,请先安装串行版本。

先下载并安装mpich:

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cd AmberTools/src/
wget http://www.mpich.org/static/downloads/3.3.2/mpich-3.3.2.tar.gz
tar vxzf mpich-3.3.2.tar.gz
./configure_mpich gnu
cd ../../build

安装好mpich后,我们修改build文件夹下的run_cmake文件,将-DMPI=FALSE改为-DMPI=TRUE。用diff表示就是:

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diff --git a/build/run_cmake b/build/run_cmake
index 08406b017f..b3e2419f56 100755
--- a/build/run_cmake
+++ b/build/run_cmake
@@ -39,7 +39,7 @@ else
cmake $AMBER_PREFIX/amber20_src \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$AMBER_PREFIX/amber20 \
-DCOMPILER=GNU \
- -DMPI=FALSE -DCUDA=FALSE -DINSTALL_TESTS=TRUE \
+ -DMPI=TRUE -DCUDA=FALSE -DINSTALL_TESTS=TRUE \
-DDOWNLOAD_MINICONDA=TRUE -DMINICONDA_USE_PY3=TRUE \
2>&1 | tee cmake.log

之后重复上述安装操作,即可:

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./run_cmake
make install -j8
cd ..

并行版本的Amber同样安装在../amber20内。