5分钟内完成DeePMD-kit的安装
2018年,我第一次接触DeePMD-kit时,花了整整一周的时间才测试成功。那时,对于一位驾轻就熟的老司机来说,在超算上安装DeePMD-kit可能仅需要2个小时;然而,对于刚刚接触这一切的新手来说,安装过程可能是数天的折磨,甚至是一辈子也无法解决的噩梦。2019年春,在开源社区的倡议下,优化安装过程被明确列入DeePMD-kit的开发计划。
Pip安装
在DeePMD-kit v0版本中,Python和C++的接口均调用了用TensorFlow的C++库编译的操作。然而,与Python版本的TensorFlow库相比,TensorFlow的C++库需要漫长的编译过程,对新手极不友好,也不利于开发。
于是,在v1版本中,开发者将Python接口与C++接口解除耦合,Python接口调用TensorFlow的Python包中的C++库进行编译。同时,开发者在主目录中添加了setup.py,调用scikit-build实现编译的自动化,并实现了自动搜索TensorFlow,从而使得用户能够用pip命令一键安装DeePMD-kit。
之后,开发者发现,一键安装DeePMD-kit的前提是提前装好scikit-build和cmake,这使得安装流程“不够一键”。这时,开发者发现了PEP-518,这一特性使得pip可以提前装好构建所需的工具。然而,PEP-518带来了包隔离特性,使得发现TensorFlow变得异常困难。在反复尝试下,开发者用了一些trick解决了一些问题。
在此基础上,开发者编译了wheel文件,上传到pypi上,使得安装DeePMD-kit变得异常简单:
pip install tensorflow deepmd-kit
安装成功后,运行dp -h
可以调用DeePMD-kit的Python接口。
Conda安装
在解决了Python接口的安装难题后,我们仍然面临C++接口的安装困难。这时,开发者把目光转向了conda。conda是包的分发和管理工具,和其它二进制分发工具相比,其最大优点在于安装时无需root权限。很多人认为,conda是Python包的管理工具,但其实,它也能分发C++的包。一般来说,分发编译后的二进制包,总有各种各样的静态库的依赖问题,但conda将所有的静态库都打包成了conda包,使得程序运行时无需调用系统自带的静态库。
Conda-build是conda包的打包工具,打包文件主要包括这两个文件:meta.yaml(配方文件,用于定义包的基本信息和依赖)、build.sh(构建包需要执行的命令),以及其它必须的文件。开发者将TensorFlow、DeePMD-kit和LAMMPS依次打包,并传到了anaconda.org上。于是,用户安装Anaconda或Miniconda后,可以使用下述命令安装:
conda install deepmd-kit=*=gpu lammps-dp==*gpu -c deepmodeling
之后运行dp -h
或lmp -h
即可调用DeePMD-kit或LAMMPS。
为了节约人力,DP开源社区将conda包的编译过程搬到了GitHub上,使用Azure Pipeline自动编译。同时,DP开源社区也将DeePMD-kit提交到了conda-forge开源社区中,并积极推动着conda-forge社区TensorFlow的编译。另外值得注意的是,DP开源社区请求清华大学开源软件镜像站镜像了deepmodeling的conda仓库,同时镜像站此前已经镜像了conda-forge的仓库,为国内的用户带来了很大的便利。截至今日,deepmodeling仓库DeePMD-kit的下载量已达6815次,conda-forge仓库DeePMD-kit的下载量已达21182次。
离线包安装
对于不能连通互联网的机器来说,离线包是必不可少的利器。开发者发现conda提供了constructor程序,只需一个配方文件,就可以打包已经编译好的conda程序,生成离线包。这些离线包同样由CI自动生成,可以在GitHub的Releases页面下载。
Docker安装
在离线包的基础上,开发者开发了Docker镜像,使用CI上传到了DockerHub及GitHub Package上,方便Docker精通者使用。
docker pull ghcr.io/deepmodeling/deepmd-kit:1.3.3_cuda10.1_gpu
子曰:“工欲善其事,必先利其器。”在2021年的今天,无论是新手还是老手,均可在5分钟内完成DeePMD-kit的安装。这一变化,为广大科研工作者带来了巨大的便利,也推动着DP走向世界,迈向更有前景的明天。